一. 养殖业的规模发展对环境的污染
某市是成都市的生猪养殖牵头县，实施的“311”工程，将极大地促进经济发展，随着养殖规模的增长，养殖业环境污染问题将日益突出，具体表现在以下几个方面：
1. 氮和磷的污染
畜禽粪便中含有大量的氮和磷的化合物，比如，肉仔鸡粪便中含食入氮的50%、食入磷的55%；生长猪排出食入氮、磷的80%-85%。这给环境造成很大危害。据测算， 一个万头猪场，每年至少向猪场周围排污3万ｔ，其中含约107ｔ的氮和31ｔ的磷，这些氮和磷进入土壤后，会转化为硝酸盐和磷酸盐，含量过高会使土地失去生产价值，造成地表水和地下水的污染，使水中硝态氮、硬度和细菌总数超标。
2 . 恶臭对环境的污染
畜牧业生产中的恶臭主要来自粪便、饲料发酵和家畜呼吸等，臭气的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氢、甲烷、吲哚、粪臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛类、硫醇、胺类等。臭气中的氨气、硫化氢和甲烷等，浓度低时可降低畜禽的生产性能，浓度高时可使幼畜中毒死亡，使养殖工作人员健康受损，易患呼吸道疾病。如果粪便排出后不能及时处理会使臭味增加，危害人畜的健康。
3. 畜禽粪便对环境的污染
畜禽粪尿是畜产废弃物中数量最多、危害最严重的污染源。畜禽每天排出的粪尿量相当于体重的5%-8%。据测定：一个10万只鸡场，年产鸡粪可达3600t，鸡粪中BOD5总量为人粪尿的0.7倍；一个5000头的猪场每天排出的粪尿约10t，一头猪的排泄量相当于2个人的排泄量，猪粪尿中BOD5总量为人粪尿的13倍。畜禽粪尿不仅数量大，其所含的污染物数量和种类也非常多，主要包括：粪尿本身及其分解物所含的恶臭成分，粪尿厌氧条件下分解产生的大量硫化氢、氨、醇类、酚类、酰胺类、胺类和吲哚等有机物，大量的病原菌和微生物以及重金属和兽药等。这些物质可通过大气、水体和土壤污染环境，产生恶臭，刺激人畜呼吸道，引起呼吸道疾病及导致畜禽生产力下降；招引蚊蝇，孳生和传播疾病；污染饮用水、土壤和农作物，传播人畜共患病及畜禽传染病。
4. 污水对环境的污染
现在，以规模化猪场和奶牛场产生的污水数量最多。据统计：规模化养猪场每生产一头肥猪约产生4t污水，一个年出栏一万头的肥猪生产线，每天清洁地面、冲洗粪沟及猪饮水时浪费而产生的污水总量为100-150m3，COD平均为1500mg/L，BOD5达1200-1300 mg/L，总氮量接近1100 mg/L，总磷量约为440 mg/L；猪场污水中可检测出的病菌主要有：致病性肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、沙门杆菌、结核菌、布氏杆菌和猪丹毒等。
5.抗生素、药物残留对环境的污染
抗生素类药物在畜产品中残留对人类健康的影响越来越受到关注，某些药物对人体具有“三致”、毒性作用(如氯霉素磺胺类等)和过敏反应(如青霉素类、四环素类、磺胺类等)。抗生素的安全性和耐药性也是近年来人们关注的焦点。抗生素被动物吸收后，可以分布全身，但肝、肾、脾等组织分布较多，也可通过泌乳和产蛋过程而残留在乳、蛋中，从而广泛地在畜产品中残留。抗生素的残留不仅影响畜产品的质量和风味，也被认为是动物细菌耐药性向人类传递的重要途径。目前，在实际生产中不按规定剂量、范围、配伍和停药期使用抗生素的现象仍然存在。
6. 矿物元素对环境的污染
自Braude(1945)发现，日粮中添加高剂量铜(125-250mg/kg)可明显提高猪的生产性能之后，高铜添加剂在生产上得到了广泛应用。不仅如此，养殖户为使猪只皮肤发红、粪便变黑，铜的添加量已经达到或超过猪的最小中毒剂量。大剂量使用铜不但导致环境污染，破坏土壤质地和微生物结构，影响作物产量和养分含量，而且直接影响动物健康和畜产品的食用安全。随着铜添加的提高，锌、铁等元素的添加量也相应增加。近年来，不少企业使用2000～3000 mg/kg氧化锌来预防仔猪腹泻。高锌、高铁的使用同样会产生类似高铜的环境污染和食后中毒后果。
二. 种植业对环境的污染
现代农业主要依靠化肥、农药的大量投入，这就使得生态系统原有的平衡被打破，农药在杀死害虫的同时，也使有益生物特别是鸟类、鱼类等遭受灭顶之灾。近几十年来出现的全球范围的生物多样性退化也与农药的使用有很大关系。土壤被誉为万物之母，它是多种生物栖息的场所。研究表明，现代农业土壤中的生物活性只及传统农业土壤的1/10。土壤有机物的耗竭，使其保水、保肥能力大大下降，这就加剧了水土流失和旱涝灾害。我国"九五"期间重点治理的滇池、巢湖、太湖都是以水体富营养化为主要特征，而从农田流入水体的化学氮磷肥是造成湖泊营养化的重要原因。
近年来，越来越多的科学研究表明，食物中的农药残留对人体的影响不仅表现为直接的毒害，间接危害也很严重。有报道说，农药在降解过程中将形成各种各样的中间体，其中某些中间体的分子结构与动物体内的雌性激素十分相似，这可能是导致整个生物界(包括人类)雄性退化的重要原因。在日本，儿童皮肤过敏症非常普遍，这与食物中的农药残留有关。
将农业生产从常规方式转向绿色、有机方式，则可以从根本上解决这些问题。